กลไกการปักดำเป็นส่วนทำงานหลักของ รถปักดำข้าว ซึ่งประกอบด้วยตัวปักดำ กลไกขับเคลื่อน และกลไกควบคุมรางเดิน ภายใต้การควบคุมของกลไกขับเคลื่อนและกลไกควบคุมรางเดิน อุปกรณ์จับต้นกล้าจะแยกต้นกล้าตามจำนวนที่กำหนดออกจากถาดกล้า แล้วปักลงดินตามรางเดินที่กำหนด จากนั้นจะกลับสู่ตำแหน่งเดิมเพื่อเริ่มรอบถัดไป การเคลื่อนที่ของต้นกล้ามี 2 แบบ คือ แนวตั้งและแนวนอน
①เครื่องปักดำแนวนอนมีที่จับต้นกล้าแบบหนีบเหมาะสำหรับการถอนกล้าเพื่อปัก และกรงเล็บตัดต้นกล้าเหมาะสำหรับการนำดินติดกล้ามาปัก โดยสามารถสลับใช้งานได้ตามความต้องการ ที่จับต้นกล้าข้าวประกอบด้วยปากจับแบบเคลื่อนที่และปากจับแบบตายตัว การตัดและเรียงต้นกล้าข้าวทำได้โดยการนำชิ้นส่วนต้นกล้าข้าวออก เพื่อให้ต้นกล้าที่ติดดินสามารถหลุดออกจากกรงเล็บต้นกล้าได้อย่างราบรื่น
②เครื่องปักดำแนวตั้งมีกรงเล็บแบบหวีเหมาะสำหรับการถอนกล้าเพื่อปัก กรงเล็บแบบหวีเหมาะสำหรับการนำดินติดกล้ามาปัก หรือแบบตะเกียบ ในกระบวนการแยกต้นกล้าข้าว กรงเล็บแบบหวีสามารถแยกแยะต้นกล้าได้ เมื่อกรงเล็บแบบตะเกียบถูกสอดเข้าไปในต้นกล้าที่ติดดิน ต้นกล้าที่ติดดินจะถูกดันออกโดยการผลักต้นกล้าที่ติดดิน
รถปักดำข้าว จำนวนหนึ่งถูกจัดเรียงบนแถวของต้นกล้าข้าว (หรือต้นกล้าข้าว) ในระยะห่างที่กำหนด ในเครื่องปักดำแนวตั้งแบบหมุน มีแถวกรงเล็บต้นกล้าข้าว 2 ถึง 4 แถว ซึ่งเชื่อมต่อกับแขนหมุนของร่องหมุนที่เคลื่อนที่เป็นวงกลม บนเครื่องปักดำข้าวแบบแกว่ง โดยทั่วไปแล้ว แถวกรงเล็บต้นกล้าข้าวจะเชื่อมต่อกับแขนแกว่งเพื่อแกว่งไปมา หรือสามารถติดตั้งอุปกรณ์จับต้นกล้าโดยตรงบนชุดข้อต่อแบบก้านข้อเหวี่ยงเพื่อขับเคลื่อนเป็นกลุ่ม ในรถปักดำข้าวส่วนใหญ่ รางเดินของรถปักดำข้าว ถูกควบคุมโดยกลไกควบคุมนอกเหนือจากกลไกขับเคลื่อน กลไกควบคุมรางเดินที่ใช้กันทั่วไป ได้แก่ รางนำทาง สไลด์ แคม เกียร์ดาวเคราะห์ และกลไกสี่ก้าน ซึ่งรวมกับกลไกขับเคลื่อนต่างๆ เพื่อสร้างกลไกการปักดำต้นกล้าหลายประเภท
